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現今的日本社會中,也存在著忍者。其人數約有20萬人。 其中有一個名為『NIN(National Intelligence of NINJA)』的忍者組織, 這群精銳忍者不受國家控管,通常負責執行秘密的暗殺任務以及毀滅行動。 此外,還有一個與『NIN』敵對的忍者組織,其名為『UN(Under Ninja)』。忍者對忍者——暗鬥的最後,究竟會迎來什麼樣的結果?而投入戰爭最前線的雲隱九郎等下忍的命運,又會如何發展呢?