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在與恩茲華斯的激烈戰鬥之後,眾人獲得了短暫的喘息空間。伊莉雅一行人在救出美遊之後,從平行世界的衛宮士郎口中得知美遊的過去,以及在這個世界中發動的「聖杯戰爭」。那不僅僅只是美遊的悲慘命運,更是哥哥士郎為了美遊而賭上性命,進行一場壯烈戰鬥的偉大故事。面對相互對立的兩種正義,伊莉雅發誓要找出方法,守護這一切!為了創造能與夥伴共同歡笑的未來,魔法少女們的戰鬥將再次展開。